微生物采样方法大全

随着生物信息学高效率的发展，我们对扰生器物的认识逐步透彻，扰生器物在临床以及科研上的不宜用越来越多，而扰生器物抽样的正确与否反之亦然关系到扰生器物资料的准确性。

因此，扰生器物的抽样通则则就显得极其重要。

首先，我们需要在波形的操作过程之中，肯定表列几个方面：

(1) 所有科学实验用做的波形用具必须是经过保鲜的（如探头袋之中、波形器、采血管、液、铲子、匙、刀类物件等）。

(2) 查阅探头接收者，波形同一间隔时间或波形并须在盛装探头的托盘或探头袋之中上马上贴上标签，大概探头必须标明清代楚（例如品名、来源、数量、波形地点、波形人及波形日期等）。

(3) 叮嘱尽量将试样填装 3-5 份启动时；敦促每组先取 6 个及以上多次重复相当合适，数 3 个多次重复。

(4) 用做谷禾波形管的科学实验探头，可以甲醛运输；如果须要波形管，则必须常温-80℃保来日，保来日在此期间切忌间歇冻融；常温邮寄时叮嘱将探头放设经年累月箱之中，用冰邮寄。

然而探头种类各不相同，相异的探头波形有相异的提案，前面参考参考每类探头对不宜的波形提案。

生态环境扰生器物

普通植被

(1)去除所列面浮土、凋落器物等，根据植被状况，选择是否过2mm筛网，每个探头从3个及以上抽样点挖掘单单并混和而成，敦促将试样填装 3-5 份启动时；

同上：抽样时需肯定每个抽样点的挖出剖面及抽样量不宜分量明确，土样低层与底层的数量要相同。

(2)保来日于牛奶离心管之中，放设经年累月箱（冰袋之中或冰）之中，0°C表列运抵科学研究所；

(3)如果必要条件不允许马上提DNA，可将探头放设-80°C沙发之中保来日，并通过冰邮寄至母公司后提先取探头总 DNA。

根际植被

根际，是指受植器物根系举办活动阻碍，在器物理学、化学和生器物学特性上相异于土体的那大多扰域生态环境。大多深入研究是针对植被扰生器物与植器物之中间的相互关系，因此需要对根际土透过波形。

(1) 挖掘单单原生地，去除根周较松散的土，仍附着在根系所列面的看成根际土。将植器物放设被装冰袋之中或冰的保温箱之中，避光必要条件，0℃表列运抵科学研究所；

(2)正要牛奶托盘，将植器物根系大多放设缓冲凝胶（PBS或生理盐出水）之中波动，波动间隔时间和数值依据试样实际上状况调整，洗下根际土；

(3)将净化凝胶透过高速离心，查阅植被沉淀，若沉淀较少，也可调制上皮细胞，同一样方波形的试样透过多点一定量混和；

(4) 将试样填装至离心管之中，密封，标明试样接收者后氟化氢速冻，放设-80℃沙发保来日，冰邮寄。

地下出水沉积器物、底泥

挖掘单单出海中沉积器物5~10 g（具体剖面依据科学实验旨在未确定），保来日于冻存管之中，标明好试样接收者后氟化氢速冻或放设被装冰的经年累月盒之中，沉睡生态环境下，及早运抵科学研究所，-80℃沙发保来日，冰邮寄。

活性的出水

多点波形并一定量分量混和至平均10 ml的悬浮的出水试样（5~10 g沉积器物），保来日至冻存管之中，标明好试样接收者后氟化氢速冻或放设被装冰的经年累月盒之中，沉睡生态环境下，及早运抵科学研究所，-80℃沙发保来日，冰邮寄。

地下出水

(1) 挖掘单单排泄器物不宜肯定牛奶操作，以可避免杂霉混入。

(2) 根据科学实验设设，选先取适当焦平面的滤上皮细胞，用于地下出水抽滤机抽滤 1~100 L 地下出水（相异出水质间相异极大），或抽滤至滤上皮细胞上可见明显覆顶上器物。

对于起泡地下出水，敦促调制同一间隔时间静设裂解悬浮颗粒器物，先用大焦平面滤上皮细胞调制一遍，便用小焦平面滤上皮细胞调制。

(3) 标明好试样接收者后氟化氢速冻或放设被装冰的经年累月盒之中，沉睡生态环境下，及早运抵科学研究所，-80℃沙发保来日，冰邮寄。

同上：根据地下出水之中扰生器物所含相异，波形量有所相异：污出水等病原体丰富的地下出水用于量一般为200-1000 ml，湖泊、上游等自然地下出水一般为 1-2 L，自来出水等病原体所含较低的地下出水则一般为 1-5 L，海洋地下出水随着地理位设、季节和波形剖面浮动较大。

药品

包装药品

尽量先取原包装，检验同一间隔时间绝不开封，避开污染。

石板牛奶药品，不宜从几个相异头部用保鲜物件波形，使探头具有充份的代所列性；

在将探头送达科学研究所同一间隔时间，要始终保证探头附近于牛奶情况下。探头一旦升华，不能便冻，保证冷却亦可。

凝胶体药品

通最常状况下，结晶药品较容易获得代所列性探头。

盛载进大罐之中的结晶药品（如牛奶、奶昔、饮料等），波形时可连续或间歇蒸；

盛载进小托盘的结晶药品，可在波形同一间隔时间将凝胶体上下颠倒，使其实际上混匀。较大的探头要放进已保鲜的托盘之中送到科学研究所。科学研究所在波形样品之同一间隔时间不宜将凝胶体便不可消除混匀一次。

对于牛奶、葡萄啤酒、植器物油等，最常采用虹吸通则（或用长形汤匙）按相异剖面分层波形，并混匀。如探头粘稠或成份结晶悬浮器物或不分量凝胶体不宜充份搅匀后，方可波形。

半结晶药品

用牛奶操作开启包装，此类探头无通则用汤匙吸先取，能用牛奶水杯从相异头部挖先取探头，抽出牛奶盛样托盘。若探头是粉末，不宜边先取边混和。

结晶药品

牛奶或等较易混匀的药品，其浓缩质量分量、有利于，可以抽先取小探头（如100g）样品。但散装探头必须从多个点先取大样，且每个探头都要单独附近理，在样品同一间隔时间要不可消除混匀，并从之中先取一份探头透过样品。

乳制品、龙虾或类似的药品既要在所列皮波形又要在深层波形。深层波形时要轻轻绝不被所列面污染，同时消除使之暴露在空气当之中。

有些药品，如鲜肉或熟肉能用保鲜的解剖刀和手脚波形；牛奶药品可在未降温的情况下下能用锯子、木钻或电钻（一般斜角爬行）等获先取深层探头；全蛋粉等结晶探头波形时，能用保鲜的波形器斜角插入箱底，探头隔开波形器后提单单箱外，便用保鲜小勺从上、之中、下头部波形。

同上：

· 肯定绝不使结晶探头过度凉爽，避开药品之中固有的霉株滋生。

· 药品如为非冷藏易腐药品，不宜进一步将当是探头冷却至0℃~4℃；若探头是牛奶的，不宜保证牛奶情况下，常温邮寄。

植器物内生霉

植器物内生霉株是植器物扰生态系统之中的重要组成大多，反之亦然对植器物其组织试样透过人类基因组计划归纳，可以深入研究植器物内生霉株或真霉的生态系统。

(1) 根据深入研究对象选先取牛奶植器物其组织（如果是植器物根部，需去除根所列粘附植被）；0℃表列运抵科学研究所；

(2) 根据其组织不等作成小块或大块（数并排不超过0.5cm），在牛奶指导台内，用牛奶出水对植器物其组织透过净化30s；

(3) 所列面牛奶化附近理：

第一次冷藏：75%无出水乙醇烘干1min；第二次冷藏：2%次附近理3min，转入75%无出水乙醇烘干30s，接着用牛奶出水漂洗3次；

(4) 透过多肽提先取科学实验或氟化氢速冻，放设-80℃沙发保来日。冰邮寄。

动器物排泄内托盘物

(1) 用牛奶双手术刀挖先取（或牛奶镊子挤单单，也能用牛奶生理盐出水显影单单）排泄内托盘物；

(2) 反之亦然用谷禾波形盒里的棉签沾先取平均黄豆不等的排泄内托盘物，将沾先取内托盘物的棉签烘干波形管凝胶体蒸无济于事内托盘物进入波形管保来日凝胶内；蒸平均30-40s，然后无论如何棉签，将圆孔顶上子栓好，较慢落下波形管数30秒；

(3) 观察到上行凝胶体带有明显排泄内托盘物颜色即波形成功，甲醛邮寄。

人和其它动器物粪日后

(1) 用于同一间隔时间叮嘱洗净双脚，可避免杂霉天和扰。将波形管先取单单，栓开顶上子。

(2) 用波形棉签沾先取少量牛奶粪日后(需要量为黄豆一绿豆不等)；如粪日后较天和，须要将棉签在波形管之中浸湿后沾先取；

(3) 将沾先取粪日后的棉签烘干波形管凝胶体蒸无济于事粪日后进入波形管保来日凝胶内，蒸平均30-40s，然后无论如何棉拭子，将圆孔顶上子栓好，较慢落下波形管数30秒；

(4) 观察到上行凝胶体带有明显粪日后颜色即波形成功，甲醛邮寄。

同上：

· 如3天内用于过药剂类、质子泵类胃药、类精神药器物叮嘱服药3天内便样品。

· 感冒、病症或其他症状在此期间不阻碍波形,拉稀或稀日后可以用棉签间歇沾先取粪日后至波形管。

· 如长期日后秘无排日后可用于等辅助双手段获先取粪日后试样。

·波形无间隔时间和烹饪限制,但是波形同一间隔时间不错正最常烹饪。

· 完成波形后试样可甲醛直接存储一周,为保证样品时效叮嘱完成波形后及早送回。

头部

头部拭子

(1) 抽样同一间隔时间30分钟洁净、先取缔啤酒等；

(2) 正要一杯浊出水（平均150ml），将浊出水含入头之中，充份洗漱头部平均10秒，多次重复2-3次。

(3) 将拭子隔开头部，使拭子头充份保证联系左侧头部内壁，上下牙床附近表皮，用适当力度上下擦动并旋转拭子15-20圈。用同样通则则在右侧头部内壁及上下牙床表皮附近透过另一根拭子的抽样。

(4) 将拭子放于波形管保来日凝胶内，蒸平均30-40s，然后无论如何拭子，将圆孔顶上子栓好，较慢落下波形管数30秒；甲醛邮寄。

咽拭子

(1) 抽样同一间隔时间30分钟洁净、先取缔啤酒等；

(2) 正要一杯浊出水（平均150ml），将浊出水含入头之中，充份洗漱头部平均10秒，多次重复2-3次。

(3) 将挖掘单单对象舌头外拉，使悬雍垂尽量外机车。同时，将拭子越过舌根到咽后壁或者悬雍垂后侧，间歇盖住15次以上，消除保证联系舌、头部表皮和唾凝胶。

(4) 将拭子放于波形管保来日凝胶内，蒸平均30-40s，然后无论如何拭子，将圆孔顶上子栓好，较慢落下波形管数30秒；甲醛邮寄。

唾凝胶波形

(1) 抽样同一间隔时间30分钟洁净、先取缔啤酒等；

(2) 正要一杯浊出水（平均150ml），将浊出水含入头之中，充份洗漱头部平均10秒，多次重复2-3次。

(3) 用舌尖压住鼻孔或鼻端齿根以硫化物唾凝胶，向波形管之中轻轻吐入唾凝胶，直至凝胶体唾凝胶（非汤匙）达到2ml 以上。蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒；甲醛邮寄。

牙霉斑波形

(1) 抽样同一间隔时间30分钟洁净、先取缔啤酒等；

(2) 正要一杯浊出水（平均150ml），将浊出水含入头之中，充份洗漱头部平均10秒，多次重复2-3次。

(3) 用棉卷隔湿所挖掘单单的牙齿，便以牛奶生理盐出水显影牙面，用牛奶挖匙或探针挖掘单单窝沟霉斑或唇颊面霉斑；以；也放设两邻牙之中间，伸展牙面挖掘单单邻面霉斑。挖掘单单后抽出成份保来日凝胶的波形上行，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒；甲醛邮寄。

所列皮

一、试样筛选

如果检验者存在表列状况，则需去除：

(1) 抽样同一间隔时间7天，暗讽部，手脚，脖子，小腿，同一间隔时间臂或者双手用于过药剂或者内生器生物体者；

(2) 暗讽部，胸部，背部或者手臂有痤热病者；

(3) 手脚，暗讽，脖子，小腿，同一间隔时间臂或者双手上有溃疡，脓疱，热病，溃疡，腐烂或者肿胀者；

(4) 在波形头部附近有一附近溃疡，脓疱，热病，溃疡，腐烂，肿胀，藓，伤头，裂纹或者叶黄素及粉蓝色的所列皮复原区者；

(5) 身上有多附近粉色或蓝色所列皮区域者（暗指或者湿疹高血压）；

(6) 双食指或者脚掌所列皮增厚或者有裂纹者；

(7) 两周大概，每天用于去屑洗发出水都不能清代理天和净手脚屑者；

(8) 身体一附近或者多附近有散发单单型皮疹者。

二、查阅通则则

(1) 将拭子在牛奶生理盐出水或浊出水之中浸湿，在科学实验旨在区域盖住10s；

(2) 试样挖掘单单后马上将拭子放于波形管保来日凝胶内，蒸平均30-40s，然后无论如何拭子，将圆孔顶上子栓好，较慢落下波形管数30秒；甲醛邮寄。

人体其它头部

其组织

(1) 先取相不宜头部其组织探头，于牛奶操作大屏幕解剖，用保鲜钉、解剖刀切先取指甲顶上不等左右其组织块；

(2) 将其组织块抽出冻存管之中并顶上紧顶上子，标明好试样接收者。探头氟化氢速冻后抽出-80℃沙发保来日。冰邮寄。

肺泡田间洗凝胶

(1) 头咽部透过雾化利多卡因后，滴同上120-300mL牛奶生理盐出水透过BAL凝胶体标本的查阅。波形后离心，去掉上清代，先取沉淀器物。

(2) 用氟化氢速冻-80℃保来日，冰邮寄；或先取沉淀器物无济于事设波形管，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

排泄田间洗凝胶

(1) 查阅排泄田间洗凝胶，过上皮细胞；或者将排泄田间洗凝胶离心，弃上清代，先取沉淀器物。

(2) 用氟化氢速冻-80℃保来日，冰邮寄；或先取沉淀器物无济于事设波形管，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

生殖道

(1) 采用牛奶棉拭子，沿着头、之中部和后穹窿内腔壁旋转拭子做旋转轴数次。

(2) 盖住后马上将拭子烘干波形管之中的保来日凝胶之中，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

血凝胶

(1) 10-20ml（儿童1-3ml）全血查阅到电介质挖掘单单管（已投身于抗凝剂），上下颠倒两次。

(2) 标明接收者，常温保来日，冰邮寄。

母乳

(1) 洗净双脚，新生儿期用牛奶出水盖住，先取母乳5-10ml 3管（下手第一管）。

(2) 常温（-20℃）保来日，冰邮寄；或者用拭子沾先取母乳后，马上将拭子烘干波形管之中的保来日凝胶之中，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

腹出水

(1) 查阅腹出水10-20ml，离心，弃上清代，先取沉淀器物。

(2) 用氟化氢速冻-80℃保来日，冰邮寄；或先取沉淀器物无济于事设我们的波形管，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

排泄

(1) 排泄试样由十二指肠引流通则或胆囊腰椎通则或双手术之中来日先取排泄，挖掘单单排泄量为5ml，设牛奶上行，离心，弃上清代，先取沉淀器物。

(2) 用氟化氢速冻-80℃保来日，冰邮寄；或先取沉淀器物无济于事设我们的波形管，蒸平均30-40s，较慢落下波形管数30秒，甲醛邮寄。

大便凝胶

(1) 挖掘单单之东北角大便凝胶40 ml左右。（之东北角大便：在排大便操作过程之中，弃去同一间隔时间、后时段排单单的大便凝胶，以牛奶托盘查阅）；

(2) 一般来日先取清代晨第一次大便凝胶，不错6小时。住院高血压可以反之亦然先取，高血压将的之东北角大便查阅至牛奶杯之中40 ml为宜；门诊高血压或表观等无大便意者，可以适量用出水，在有大便意时尽量的多憋一段间隔时间，将大便凝胶的之东北角大便查阅至牛奶大便杯之中40 ml为宜；

(3) 离心，去上清代，投身于我们的凝胶体保来日，甲醛邮寄。

同上：

· 不宜在药剂用于同一间隔时间或停用药剂药5天内来日大便凝胶标本。

· 对于小日后轻度失禁高血压或者间隔时间可避免高血压，对之东北角大便更为昧控制的状况下，我们可以告知高血压在排大便操作过程之中3 s后挖掘单单大便凝胶。

·如果是病危或失忆产妇，可由涉及的医院用导大便通则则挖掘单单大便凝胶，此操作操作过程之中要严格执行牛奶操作，消除因导大便情急之下而导致的风湿热染病。也可以采用经下腹同一间隔时间壁膀胱腰椎先取大便培养的通则则。

以上是各类探头的波形通则则，可供参考。

无论如何有人却说，是否一定要用我们的波形管保来日凝胶，能不能用生理盐出水或者别的来替代。前面是我们透过的关于保来日凝胶的检验：

经检验，用于谷禾波形管保来日凝胶，能在-80℃ ~ 65℃ 的必要条件下保证DNA能用性，液态直接储存将近30天，尽量保证与牛奶试样具有明确的病原体构成特性。

要想获先取相当理想的人类基因组计划结果，首先探头的质量需要获先取保障，当然试样提先取、建库、归纳对便度结果都不会造成了一定的阻碍，而波形同样重要。如果没有先取好，早先归纳便多，意味著也不能接受想尽办法的结果。

另外，严谨的深入研究设计者对于获得准确且有意义的结果也很重要，深入研究设计者之中不宜肯定重新考虑常是心理因素，如果在不未确定的状况下，也可以适当咨询我们的高效率顾却说，结合我们的知识，给您合适的敦促。

当然科学实验操作过程之中，也意味著不会受到多种心理因素的阻碍，我们不会采用复数和阳性比对，尽量消除这些不必要的阻碍。

总之，正要同一间隔时间期的正要指导，包括深入研究设计者，波形等，早先的提先取、人类基因组计划、归纳转给我们~

参考资料

[1] Edwards J , Johnson C , Christian Santos-Medellín, et al. Structure, variation, and assembly of the root-associated microbiomes of rice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2015, 112(8).

[2] Bulgarelli D, Rott M, Schlaeppi K, et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota[J]. Nature, 2013, 501(7468): S25.

[3] ISO 10381-6: 2009 Soil quality - Sampling - Part 6: Guidance on the collection, handling and storage of soil under aerobic conditions for the assessment of microbiological processes, biomass and diversity in the laboratory.

[4] Ruiz-González C, Niño-García J P, Kembel S W, et al. Identifying the core seed bank of a complex boreal bacterial metacommunity[J]. The ISME journal, 2017, 11(9): 2012.

[5] Wang Y, Ma L, Mao Y, et al. Comammox in drinking water systems[J]. Water research, 2017, 116: 332-341.

[6] Chow C E T, Winget D M, White III R A, et al. Combining genomic sequencing methods to explore viral diversity and reveal potential virus-host interactions[J]. Frontiers in microbiology, 2015, 6: 265.

[7] Yang Y, Li B, Zou S, et al. Fate of antibiotic resistance genes in sewage treatment plant revealed by metagenomic approach[J]. Water research, 2014, 62: 97-106.

[8] Pesant S, Not F, Picheral M, et al. Open science resources for the discovery and ysis of Tara Oceans data[J]. Scientific data, 2015, 2.

[9] Ma J, Wang Z, Li H, et al. Metagenomes reveal microbial structures, functional potentials, and biofouling-related genes in a membrane bioreactor[J]. Applied microbiology and biotechnology, 2016, 100(11): 5109-5121.

[10] Liu J, Yang H, Zhao M, et al. Spatial distribution patterns of benthic microbial communities along the Pearl Estuary, China[J]. Systematic and applied microbiology, 2014, 37(8): 578-589.

[11] Mason O U, Scott N M, Gonzalez A, et al. Metagenomics reveals sediment microbial community response to Deepwater Horizon oil spill[J]. The ISME journal, 2014, 8(7): 1464.

[12] Bråte J, Logares R, Berney C, et al. Freshwater Perkinsea and marine-freshwater colonizations revealed by pyrosequencing and phylogeny of environmental rDNA[J]. The ISME journal, 2010, 4(9): 1144.

[13] Li J, Sung C Y J, Lee N, et al. Probiotics modulated gut microbiota suppresses hepatocellular carcinoma growth in mice[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016, 113(9): E1306-E1315.

[14] Gebhart D, Lok S, Clare S, et al. A modified R-type bacteriocin specifically targeting Clostridium difficile prevents colonization of mice without affecting gut microbiota diversity[J]. MBio, 2015, 6(2): e02368-14.

[15] Hänninen A, Toivonen R, Pöysti S, et al. Akkermansia muciniphila induces gut microbiota remodelling and controls islet autoimmunity in NOD mice[J]. Gut, 2018, 67(8): 1445-1453.

[16] Fujisaka S, Avila-Pacheco J, Soto M, et al. Diet, genetics, and the gut microbiome drive dynamic changes in plasma metabolites[J]. Cell reports, 2018, 22(11): 3072-3086.

[17] Agus A, Denizot J, Thévenot J, et al. Western diet induces a shift in microbiota composition enhancing susceptibility to Adherent-Invasive E. coli infection and intestinal inflammation[J]. Scientific reports, 2016, 6: 19032.

[18] Stanley D, Moore R J, Wong C H Y. An insight into intestinal mucosal microbiota disruption after stroke[J]. Scientific reports, 2018, 8(1): 568.

[19] Rabbi M F, Munyaka P M, Eissa N, et al. Human catestatin alters gut microbiota composition in mice[J]. Frontiers in microbiology, 2017, 7: 2151.

[20] Rabbi M F, Eissa N, Munyaka P M, et al. Reactivation of intestinal inflammation is suppressed by catestatin in a murine model of colitis via M1 macrophages and not the gut microbiota[J]. Frontiers in immunology, 2017, 8: 985.

[21] McInnes P, Cutting M. Manual of procedures for human microbiome project: Core microbiome sampling, protocol A, HMP protocol no. 07-001, version 11. 2010[J]. Current version: _MOP_Version12_0_072910.pdf

[22] Jie Z, Xia H, Zhong S L, et al. The gut microbiome in atherosclerotic cardiovascular disease [J]. Nature communications, 2017, 8(1): 845.

[23] Mar J S, LaMere B J, Lin D L, et al. Disease Severity and Immune Activity Relate to Distinct Interkingdom Gut Microbiome States in Ethnically Distinct Ulcerative Colitis Patients [J]. mBio, 2016, 7(4).

[24] Sze M A, Baxter N T, Ruffin M T t, et al. Normalization of the microbiota in patients after treatment for colonic lesions [J]. Microbiome, 2017, 5(1): 150.

[25] Flemer B, Lynch D B, Brown J M, et al. Tumour-associated and non-tumour-associated microbiota in colorectal cancer [J]. Gut, 2017, 66(4): 633-43.